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佐渡の気候は本土と比べて独特。佐渡沖を流れる海流の影響で、冬の温度が新潟県の本土側より1〜2℃高く、夏は逆に1〜2℃低い。そのため、暖かい小佐渡ではビワやミカンなどの温帯食物が、また大佐渡ではアカマツやカシなどの寒帯植物が見られる。四季も変化に富み、咲き競う花々が豊かな表情をつくり出す。
もはや佐渡にとどまらず野生復帰の願いがやまないニッポンの鳥、トキ。佐渡ならではの自然と生態系を後世まで残し、再びトキが佐渡の空を舞う日が来ることが、島民の切なる願いである。（出典：（本家）佐渡百選ＨＰ）
トキ 2008年悲願の野生復帰に成功。資料館で観察できる。 観光向け トビシマカンゾウ 佐渡の代表的な花。群生地が多数ある。見頃は５月。 観光向け 海潮寺の御所桜 順徳上皇お手植えといわれる。サトザクラという珍しい品種。 観光向け 真法院の苔梅 順徳上皇お手植えといわれる。市天然記念物。 法乗坊の種蒔き桜 羽茂・大崎地区の羽茂川沿いに立つ、樹齢250年を超える古木。 川茂杉と太郎杉 市天然記念物の大杉と日本一大きいといわれる切り株。 徳和地区の萱（カヤ） 萱の産地として有名。大椋神社の大萱は市天然記念物。 羽吉の大桑 推定樹齢1300年以上といわれる、国天然記念物指定の古木。 相川のひまわり畑 崖の上にあるひまわり畑。海とひまわりのコントラストが美しい。 牛の放牧 ドンデン、スカイライン、経塚山などで牛の放牧を間近で見られる。
※以下は他ジャンルに分類
長谷寺のぼたん 蓮華峰寺のあじさい スカイラインの紅葉
惜しくも落選した項目（自然・風景・花・植物・動物）